Plusieurs pistes : vérifie tes balises canoniques, les duplicate content, et l'historique du site. J'ai eu le même souci sur un vieux site avec des migrations mal gérées.
N'oublie pas la puissance des backlinks pour forcer l'indexation. Quand j'ai commencé à utiliser Linkuma pour mes projets, j'ai vu une nette amélioration sur les pages orphelines.
Les deux marchent bien, mais pour l'indexation rapide, leurs PBNs (privés bien sûr) sont redoutables. Leur système de ciblage est top. Et pas besoin de s'engager sur des gros budgets !